Lần thứ 2 trong vòng hơn 1 tháng, Jon Rahm có kết quả dương tính với Covid – 19. Trong quá trình chuẩn bị cho chuyến bay đến Nhật Bản tham dự Olympic Tokyo, Jon Rahm đã làm xét nghiệm PCR 4 lần nhưng có đến 3 lần dương tính. Điều này khiến Uỷ ban Olympic Tây Ban Nha buộc phải rút golfer số 1 Thế giới khỏi danh sách đội tuyển golf quốc gia.

Jon Rahm đã từng dương tính với Covid-19 tại Memorial Tournament và buộc phải rút khỏi giải đấu khi anh đang dẫn đầu với cách biệt 6 gậy. Nhưng chỉ nửa tháng sau, anh làm nên kỳ tích khi vô địch U.S. Open. Tây Ban Nha rất kỳ vọng vào việc Jon Rahm sẽ mang về cho đất nước này tấm huy chương Olympic, tuy nhiên đáng tiếc cho anh khi trở thành golfer thứ 2 sau Bryson DeChambeau phải rút khỏi sự kiện này vì Covid-19. Patrick Reed là người được lựa chọn thay thế Dechambeau, còn với trường hợp của Jon Rahm thì chưa có thông báo về người thay thế.